هر چند ترامپ و نتانیاهو در بسیاری از جنبه‌های استراتژیک خود همراستا بوده‌اند اما نگرانی‌های متفاوتی نسبت به نحوه مواجهه با ایران به چشم می‌خورد.
مرکز مطالعات استراتژیک و بین‌المللی (سی‌اس‌آی‌اس) در یادداشتی با طرح دوباره مسئله هسته‌ای ایران به بررسی عوامل اختلاف دو متحد در مقابل چالش هسته‌ای ایران می‌پردازد. این مقاله که به قلم دورین هورشگ و بیلی شیف نوشته شده است راهبرد دولت ترامپ در برابر ایران در دور دوم را ترکیبی از دیپلماسی، تهدید نظامی و فشار اقتصادی می‌داند و تأکید می‌کند: طرح دو ماهه‌ای برای مذاکره با ایران آغاز شده، با تهدید به اقدام نظامی در صورت عدم توافق اتفاق افتاده و ترامپ با راهبرد مبهم و تهدیدهای غیرمستقیم سعی دارد امتیاز بگیرد. این اندیشکده آمریکایی اذعان می‌کند: با وجود تمایل به دیپلماسی، آمریکا سلاح‌های سنگین به رژیم می‌فرستد و بمب‌افکن‌های ۲-B را در منطقه مستقر کرده و همچنین حملاتی علیه مواضع حوثی‌ها در یمن انجام داده تا پیامی به ایران بفرستد. اما دیدگاه اسرائیل نسبت به برنامه هسته‌ای ایران به نوعی متفاوت است؛ چرا که اولاً این رژیم ایران را تهدیدی وجودی می‌داند و از سویی رویکرد سنتی نتانیاهو بر مبنای «دکترین بگین» و نابودی پیشدستانه سایت‌های هسته‌ای دشمن است که در حمله به عراق ۱۹۸۱، سوریه ۲۰۰۷ و ایران ۲۰۲۴ اتفاق افتاد.
رژیم اسرائیل برنامه هسته‌ای ایران را یک تهدید وجودی می‌داند و برای جلوگیری از دستیابی ایران به سلاح هسته‌ای، یک راهبرد چندجانبه در پیش گرفته است. این راهبرد شامل اقدام نظامی و عملیات‌های پنهانی است. دکترین بگین که پس از حمله ۱۹۸۱ رژیم به رآکتور هسته‌ای اوسیراک عراق تدوین شد، بر این تأکید دارد که رژیم صهیونیستی خود را متعهد به نابودی پیشدستانه تهدیدات هسته‌ای احتمالی در خاورمیانه می‌داند.
سی‌اس‌آی‌اس می‌نویسد: از زمان مراسم تحلیف دور دوم ریاست‌جمهوری دونالد ترامپ، تفاوت‌های استراتژیک میان ایالات متحده و رژیم اسرائیل در مورد بهترین روش مقابله با گسترش سلاح هسته‌ای ایران افزایش یافته است. ترامپ در سخنرانی ابتدایی خود از تمایل به اجتناب از اقدام نظامی صحبت و بیان کرد موفقیت را باید از «جنگ‌هایی که وارد آن‌ها نمی‌شویم» سنجید. این نگرش نسبت به مداخله خارجی توضیح می‌دهد که چرا ترامپ به دنبال راه‌ حل دیپلماتیک برای جلوگیری از دستیابی ایران به سلاح هسته‌ای است، با این حال، ترجیح ترامپ برای دیپلماسی با دیدگاه رژیم مبنی بر اقدام نظامی پیشدستانه تفاوت دارد. بنیامین نتانیاهو، نخست‌وزیر اسرائیل از بازگشت ترامپ به کمپین فشار حداکثری استقبال کرده و همچنین گزارش‌ها حاکی از آن است که دستور داده ارتش آماده حمله به ایران تا میانه سال ۲۰۲۵ باشد.
سیاست ایرانی ترامپ با ابهاماتی مواجه است که احتمالاً ناشی از اختلاف نظرها در داخل کابینه، پایگاه جمهوری‌خواه و تمایلات متضاد او برای نمایش قدرت نظامی در عین حفظ تصویری از یک صلح‌خواه است. مشاوران او در این زمینه که چگونه با ایران برخورد شود (با حمله به سایت‌های هسته‌ای، از سرگیری تحریم‌ها یا مذاکره) دچار اختلاف نظر هستند. به عنوان نمونه مارکو روبیو، وزیر امور خارجه و والتز، مشاور امنیت ملی از دیپلماسی حمایت می‌کنند، در حالی که جی‌دی ونس، معاون رئیس‌جمهور مخالف مداخله نظامی ایالات متحده برای جلوگیری از عبور ایران از آستانه هسته‌ای است.این اتاق فکر آمریکایی اظهار می‌کند: ظاهر روابط رئیس‌جمهور ترامپ و نخست‌وزیر نتانیاهو نشان‌دهنده یک رابطه نزدیک است. ترامپ پیش‌تر نتانیاهو و همسرش سارا را در مار-آ-لاگو به دیدار پذیرفت، سفارت ایالات متحده را از تل‌آویو به اورشلیم منتقل کرد، در مورد تصاحب غزه توسط ایالات متحده با نتانیاهو گپ زد و او را به عنوان نخستین رهبر خارجی در دوره دوم ریاست‌جمهوری خود به کاخ سفید دعوت کرد. اما در حالی که ترامپ در حال مدیریت پیشنهادهای دیپلماتیک و چیدن راهبردهاست، بدبینی رژیم صهیونیستی نسبت به مذاکرات ممکن است موجب ایجاد تنش شود، به ویژه اگر دولت ایالات متحده به دنبال توافقی باشد که الزامات امنیتی رژیم را برآورده نکند.
حال با بسته شدن پنجره دو ماهه برای دیپلماسی، میزان توانایی متحدان برای نزدیک کردن تفاوت‌های خود تعیین‌کننده خواهد بود. در این میان روسیه، چین، کشورهای خلیج فارس و گروه E۳ (آلمان، بریتانیا و فرانسه) انتظار دارند در مذاکرات آینده نقش مؤثری ایفا کنند، خواه به عنوان وزنه‌های تعادل در برابر نفوذ غرب یا به عنوان میانجی‌گران در راستای ترویج ثبات منطقه‌ای. اخیراً روسیه و چین مذاکرات سه‌جانبه‌ای با ایران برگزار کرده و بر این تأکید داشته‌اند که گفت‌وگوهای تجدید شده باید بر اساس «احترام متقابل» باشد و با لغو تحریم‌ها همراه شود. مرکز مطالعات استراتژیک و بین‌المللی ضمن بررسی نقش سایر کشورها می‌نویسد: برای اروپا و کشورهای عربی حاشیه خلیج فارس حفظ یک توافق آینده‌نگر و تضمین حمایت منطقه‌ای از آن حیاتی خواهد بود. در حالی که ترامپ خواستار گفت‌وگوهای مستقیم است، نمایندگان اروپایی چهار بار بین نوامبر ۲۰۲۴ و مارس ۲۰۲۵ با مقامات ایرانی دیدار کردند تا در مورد مقیاس و دامنه مذاکرات احتمالی بحث کنند. گروه «ای۳» که در تدوین و حفظ توافق هسته‌ای برجام پس از خروج ایالات متحده نقش اساسی ایفا کرد، مایل است در مذاکرات آینده شرکت کند، به‌ ویژه آنکه «بازگشت خودکار مکانیسم ماشه» در ماه اکتبر منقضی می‌شود. تعامل با امارات متحده عربی و عربستان سعودی نیز برای کاهش نگرانی‌های تهدید منطقه‌ای و مشروعیت‌بخشی به توافق در میان کشورهای خلیج فارس ضروری خواهد بود. روابط ایالات متحده و رژیم اسرائیل در زمینه چالش هسته‌ای ایران اکنون تحت تأثیر ترکیبی از هم‌راستایی استراتژیک و ترجیحات مختلف است. در حالی که هر دو کشور برنامه هسته‌ای ایران را تهدیدی جدی می‌بینند، رویکردهای آن‌ها متفاوت است؛ دولت دوم ترامپ دیپلماسی را با بازدارندگی نظامی ترکیب می‌کند، در حالی که رژیم از اقدام پیشدستانه و فشار مستمر حمایت می‌کند.