شیخ جعفر مجتهدی در اول بهمن ماه 1303 هـ.ش در خانواده‌ای متدین و مرفه در شهر تبریز دیده به جهان گشودند.
شیخ جعفر مجتهدی می گوید :از همان سنین نوجوانی علاقه عجیبی به تزکیه نفس داشتم و شروع به تهذیب نفس و خودسازی و تقویت اراده نمودم چون بسیار دوست داشتم به بینوایان و مستمندان کمک کرده و زندگی آنها را از فقر و تنگدستی نجات بخشم، سعی و تلاش بسیاری می‌نمودم تا معمای لاینحل کیمیا به دست من حل گردد، لذا قسمتی از سرمایه پدری را در این راه صرف نمودم ولی به نتیجه‌ای نرسیدم، اما چون این کوشش من همراه با توسلات شدید بود، یک روز ناگهان هاتف غیبی به من ندا در داد: جعفر؛ کیمیا، محبت ما اهل بیت عصمت و طهارت است، اگر کیمیای واقعی می خواهی بسم الله این راه و این شما .
با شنیدن آن ندای غیبی هدف و مسیر زندگیم بکلی دگرگون شده و بر آن شدم تا به جای تسخیر جن و انس و ملک و اکتساب کیمیا به دنبال حقیقت همیشه جاوید و پاینده، یعنی محبت و دوستی ائمه اطهار (علیهم‌السلام) بروم.
مرحوم مجتهدی پس از مدتها اقامت در عتبات عالیات پیوسته در پی انجام اوامر حضرات معصومین (علیهم‌السلام) از این شهر به آن شهر و از این دیار به آن دیار هجرت می‌کردند و بسیاری از اوقات را در بیابانها به عبادت، توسل و چله نشینی مشغول بودند
مرحوم مجتهدی پس از حدود چهار سال اقامت در جوار حضرت ثامن الحجج (علیه‌السلام) در تاریخ ششم ماه مبارک رمضان 1416 هـ . ق مطابق با 6/11/1374 هـ . ش هنگام ظهر روز جمعه دار فانی را وداع و روح ملکوتیشان عروج می‌نماید. روز شهادت حضرت موسی بن جعفر (علیه‌السلام) و آقا به همین مناسبت در منزلی که به سر می‌بردند، مجلس سوگواری بر قرار می‌نمایند و در حین مراسم به شدت تمام گریه می‌کنند، این حالت تا بعد از اتمام مراسم ادامه می‌یابد. به طوری که حالشان به حدی دگرگون می‌شود که ایشان را به بیمارستان صاحب الزمان (علیه‌السلام) می‌برند و بعد از چند روز به بیمارستان امام رضا (علیه‌السلام) منتقل کرده و در اتاق (آی، سی، یو) بستری می‌کنند.
ایشان به مدت چهل روز در حالت کما (بیهوشی) به سر می‌بردند اما در خلال این مدت به صورت عجیبی حالات ظاهریشان تغییر می‌کرده و با اینکه بسیاری از اعضای رییسیه ایشان از کار افتاده بوده، یکمرتبه با یک حرکت به حال عادی بر می‌گشته و مطلبی می‌فرمودند و مجدداً‌ اعضاء از کار می‌افتاده است. دکتر هاشمیان، رییس بیمارستان امام رضا (علیه‌السلام) وخادم کشیک هشتم حضرت رضا (علیه‌السلام) و آقای دکتر لطیفی نقل می‌کردند: به قدری آقای مجتهدی در اثر تزکیه روح، قوی بودند که بخش روحی ایشان بر بخش جسمشان اشراف کامل داشت، بطوری که بارها مشاهده می‌کردیم ایشان به صورت اختیاری بیمار شده و باز به اراده خویش بهبود می‌یافتند.
طبق گفته همراهان ایشان، یکی از مطالبی که در حین کما فرمودند این بود که: عاشق اگر رنگی از معشوق نگیرد در عشق خودش صادق نیست. و پس از آن مجدداً در حالت کما فرو رفته و حالشان بسیار وخیم می‌گردد، به حدی که دیگر قادر به تنفس نبودند…
بعد از ارتحال پیکر مطهر ایشان را از بیمارستان به منزل حاج آقا رضا قرآن نویس منتقل کرده و جهت غسل دادن مهیا می‌کنند، تا اینکه طبق پیشگویی خود آقا، جناب آقای چایچی که به جهت فوت ایشان از قزوین به مشهد آمده بودند از راه می‌رسند و ایشان را غسل می‌دهند. آقای چایچی در این رابطه می‌گفتند: روزی یکی از دوستان از طرف آقای مجتهدی پیامی برای من آورد که سریعاً به قم بیایید، با شما کاری فوری دارم، بنده هم فوراً از قزوین به قم رفته و خدمت ایشان رسیدم، یکمرتبه به دلم افتاد که آقا را به حمام ببرم، به ایشان عرض کردم آقاجان مایلید شما را به حمام ببرم؟ فرمودند: بله آقاجان؛ هنگامی که ایشان را به حمام بردم و در حال شستن بودم، فرمودند: آقای چایچی قربانت گردم، یک روزی هم می‌آید که شما ما را می‌شویید، خیلی خوب بشویید آقا جان؛ مثل همین امروز، کسی نمی‌تواند ما را بشوید.
سپس پیکر شریف ایشان در میان سیل اشک و آه انبوهی از مردم عزادار و قافله‌ای از سوز و گداز دوستان اهل دل و مشایعت روحانیت معظم به سوی حرم مطهر حضرت رضا (علیه‌السلام) تشییع شد و پس از برگزاری مراسم ویژه‌ای، که هنگام فوت خدام حضرت انجام می‌گیرد، حجت الإسلام حاج سیدحمزه موسوی بر پیکر ایشان نماز گزاردند و سرانجام در فضای روح پرور و در جوار ملکوتی حرم مطهر، پایین پای ارباب و مولایش در صحن نو (آزادی – قبل از کفشداری 7 ) حجره بیست و چهار به خاک سپرده شد که این رزق کریم بر ارباب نعیم گوارا باد.
کرامتی از جناب شیخ
آقای حمید حسنی طباطبایی تعریف می کردند: در سفری که حدود 35 سال پیش به مشهد داشتم، شنیدم که حضرت آقای مجتهدی بعد از ظهرها به هنگام غروب ساعتی را در یکی از بقعه های باغ رضوان به سر می برند و من برای دیدن ایشان به آنجا رفتم. مقبره، خیلی شلوغ بود و افراد زیادی در خدمت آقای مجتهدی بودند. متوجه شدم که ایشان چشم خود را از در بقعه بر نمی دارند، انگار منتظر آمدن کسی هستند! چند دقیقه ای گذشت و یکی از خادمان علی بن موسی الرضا (علیه السلام) درحالی که شال سبزی به کمر بسته بود و گلابدانی در دست داشت، وارد بقعه شد. آقای مجتهدی از جای برخاستند و با احترام او را در کنار خود نشاندند و بیش از اندازه او را مورد عنایت قرار دادند. وقتی که او رفت، به من فرمودند: سید بزرگواری است و امام رضا (علیه السلام) به او لطف خاصی دارند و بعد قسم یاد کردند و فرمودند: هر موقع که ایشان به حرم رضوی مشرف می شود و به محضر امام سلام می کند، جواب سلام او را می دهند و من این را به گوش خود شنیده ام و حکایت نقل گفته دیگران نیست!ولی آقای مجتهدی نفرمودند که آن سید خادم، خودش هم جواب سلام امام را می شنود یا نه.