فلسفه اسلامی اگر چه همواره در جهان اسلام و به‌ویژه جهان تشیع و ایران جریان داشته، اما حضورش در حوزه‌های علمیه کمرنگ بوده است. با اینکه حوزه‌های علمیه عراق و شام، نظیر نجف، حله، بغداد و جبل‌عامل تقریباً عاری از فلسفه بوده‌اند، برخی حوزه‌های علمیه ایران توانستند این علم را زنده نگه دارند.

این علم از ابتدای ورود به جهان اسلام تا امروز با مخالفت‌های بسیاری مواجه بوده است. در جهان اسلام با تضعیف مکتب عقل‌گرای معتزله و تسلط اشاعره و اهل‌حدیث، ضدیت با فلسفه در میان اندیشمندان اهل‌سنت نهادینه شد که با ظهور محمدبن عبدالوهاب به اوج خود رسید.

موافقت و مخالفت با فلسفه، بحث و جدل‌های عمیقی را ایجاد کرد که البته همیشه به بحث و کتابت محدود نشد و گاه به تکفیر و تفسیق نیز انجامید.

این رویکرد در حوزه‌های علمیه شیعه نیز رایج بوده است و مخالفت با فلسفه یا برخی از روش‌ها و نتایج آن در میان بسیاری از عالمان بزرگ شیعه وجود داشته است تا جایی‌که در قرن یازدهم جریانی مثل اخباری‌گری نیز در مخالفت با روش عقلی و فلسفی شکل گرفت که به‌زودی به افول گرایید.

مکتب معارفی خراسان یا مکتب تفکیک نیز در دهه‌های اخیر در تقابل با فلسفه به وجود آمد که گرچه آن‌را نفی نمی‌کند، اما معتقد است روش‌های دینی و فلسفی را باید تفکیک کرد تا معارف خالص وحیانی با معارف خطاپذیر بشری تلفیق نشود.

با این‌حال، جریان غالب عقل‌گرای شیعه، ‌ اهل فلسفه بودند و بسیاری از فقهای بزرگ شیعه در طول تاریخ در زمره فلاسفه نیز به‌شمار می‌آمدند؛ فقهایی نظیر خواجه نصیرالدین طوسی، علامه حلی، ملاصدرا، میرداماد، ملاهادی سبزواری، آخوند خراسانی، علامه طباطبایی و امام خمینی(ره).

در دوره صفویه حوزه‌های علیمه ایران شاهد رشد و بالندگی فلسفه اسلامی بودند. میرداماد و ملاصدرا از فلاسفه بزرگی بودند که شأن دینی و فقهی برجسته‌ای هم در حوزه‌های علمیه داشتند و با دشواری‌های بسیار توانستند این علم را در حوزه‌های علمیه تثبیت کنند. گرچه این علم هیچ‌گاه جایگاه سایر علوم حوزوی را پیدا نکرد و در حاشیه باقی ماند.

در دوره‌های بعدی تنگ‌نظری‌ها درباره فلسفه گاه رو به فزونی می‌نهاد؛ تا جایی‌که به‌صورت مخفی و پیش از طلوع آفتاب یا سحرگاهان تدریس می‌شد تا حساسیت‌برانگیز نباشد. این همان دوره‌ای بود که به تعبیر امام(ره)، کوزه‌ای که فرزندش از آن نوشیده بود را آب می‌کشیدند، زیرا پدرش مدرس فلسفه بود!

اما با ظهور علامه طباطبایی و هجرت او به قم، علوم عقلی و فلسفه در حوزه علمیه بار دیگر رونق یافت؛ هرچند در این راه رنج فراوانی کشید. علامه مکتب فلسفی قم را در ادامه مکتب صدرایی ایجاد و شاگردان بسیاری تربیت کرد که امروزه پرچمدار فلسفه اسلامی هستند.

علامه طباطبایی دو کتاب «بدایةالحکمة» و «نهایةالحکمة» را برای تدریس فلسفه به طلاب تدوین کرد تا امروز در کنار «آشنایی با فلسفه» شهید مطهری در برنامه درسی مصوب حوزه‌های علمیه قرار گیرد. کتاب‌هایی که جایگزین شرح منظومه ملاهادی سبزواری شد و در سطح ۲ و ۳ حوزه علمیه تدریس می‌شود.

با این‌حال، فلسفه اسلامی هنوز در ابتدای راه است و باید ضمن تدوین فلسفه‌های مضاف مبتنی بر این دستگاه فکری، به امتداد سیاسی و اجتماعی نیز برسد تا بتواند مبنای نظام‌سازی و تمدن‌سازی قرار گیرد.

فلسفه، علم تفکر و عقلانیت است و دانشی تقلیدی نیست و طبیعتاً همیشه باید در معرض نقد و بررسی جدی قرار داشته باشد. اما در حاشیه ماندن این علم به تعبیر رهبر معظم انقلاب نتیجه‌ای جز نازل شدن سطح عقلانیت و میدان‌داری افراد سطحی نخواهد داشت.