مؤسسه وایزمن به دلیل نقش علمی-نظامی‌اش و در واکنش به اقدامات اسرائیل علیه برنامه هسته‌ای ایران، در جریان جنگ ژوئن ۲۰۲۵ هدف حمله موشکی ایران قرار گرفت و دچار خسارات گسترده شد.