سابقه تأسیس دارالشفای حضرتی دقیقاً معلوم نیست؛ اما نگهداری از بیماران، به‌خصوص بیماران در راه مانده و به‌ویژه بیمارانی که زائر حرم مطهر رضوی بودند، از دیرباز سنتی شایسته و منطبق با فرهنگ ایرانی اسلامی بوده‌است. به همین دلیل، متولیان حرم مطهر رضوی از همان قرون اولیه به این مسئله توجهی خاص داشتند و واقفان نیز ضمن اهتمام به این موضوع، بخشی از درآمد موقوفه‌های خود را به این امر اختصاص می‌دادند. اسناد مربوط به فعالیت دارالشفا یا به قول معروف «مریضخانه» یا «شفاخانه» در زمره سندهای قدیمی موجود در مرکز اسناد آستان‌ قدس رضوی است؛ اسنادی که نشان می‌دهد دست‌کم از دوره صفویه، تشکیلات دارالشفا به عنوان بخشی از سازمان خدمت به زائران حرم مطهر رضوی فعال بوده و داروهای مورد نیاز را برای بیماران، رایگان تأمین می‌کرده است. برای مدتی، در دوره قاجار، تأمین این داروها برعهده شربتخانه حضرتی بوده که در جنوب شرقی صحن نو (آزادی) قرار داشته است. با این حال، مکان دارالشفا طی تاریخ طولانی آن، ثابت نبوده و تغییرات گوناگونی را تجربه کرده‌است. امروزه دارالشفای امام رضا(ع) در ساختمانی چهارطبقه، با مساحتی افزون بر ۴ هزارو ۵۴۰ مترمربع در ضلع جنوبی برگردان ورودی حرم مطهر در ابتدای خیابان شیرازی قرار دارد. این مکان در سال ۱۳۸۸ خورشیدی به دارالشفا اختصاص داده شد. براساس اسناد موجود، دارالشفا در دوره صفویه، جایی در حاشیه بازار مشهد و نزدیک به مدرسه علمیه «دو در» قرار داشت. این مکان به دلیل قرار گرفتن در فضای بازار و شلوغی ناشی از آن، برای مراقبت از بیماران مناسب نبود. به همین دلیل، در میانه دوره حکومت ناصرالدین‌شاه، میرزاجعفرخان مشیرالدوله، ملقب به «مهندس‌باشی» فضای قدیمی دارالشفا را به سرای تجاری موسوم به «سرای ناصری» تبدیل و مغازه‌های آن را هم وقف دارالشفای حضرتی کرد. محل حدودی سرای ناصری، در جبهه شرقی صحن جمهوری اسلامی فعلی قرار داشت. مشیرالدوله پس از تخریب بنای قدیمی دارالشفا، در جنوب ملک مشهور «خانه حاجی قوام» و ضلع شرقی باغ مشهور «سالار» زمینی را به ساخت دارالشفا اختصاص داد. بنای جدید بسیار آبرومند و در فضایی عالی به شکل چهارباغ ساخته شد و مورد بهره‌برداری قرار گرفت. دارالشفای جدید دارای دو بخش مجزای زنانه و مردانه بود. یاکوب پولاک، پزشک ناصرالدین‌شاه، این بنا را تنها بیمارستان آبرومند ایران در دوره خودش می‌دانست. با این حال، مکان اختصاص داده‌شده در دهه ۱۳۰۰ خورشیدی به منظور تعمیر و گسترش دارالشفا تخریب شد و به‌طور موقت، در باغ مشهور «هشت‌آباد» جایی در انتهای بالاخیابان، ساختمانی را به عنوان دارالشفا تجهیز کردند و خانه‌ای در مجاورت مسجد «حوض‌لقمان» نیز که در کنار محدوده باغ هشت‌آباد قرار داشت، به دارالشفای بانوان اختصاص یافت. با ساخته شدن بیمارستان شاهرضا، تاریخ فعالیت‌های دارالشفا وارد مرحله جدیدی شد، اما ساختمان بنای یاد شده را به وزارت بهداشت تحویل دادند. اواخر سال ۱۳۵۸ خورشیدی، بنایی در سه طبقه، واقع در ابتدای بست پایین (شیخ حر عاملی امروزی) به دارالشفای حضرتی اختصاص داده‌شد که تا سال ۱۳۷۹ خورشیدی فعال بود. پس از آن مکان دارالشفا به‌طور موقت به درمانگاه رازی انتقال یافت و درنهایت سال ۱۳۸۸ خورشیدی، چنان‌که در ابتدای متن اشاره کردیم، به محل جدید منتقل شد.