سید عباس عراقچی، وزیر خارجه این ادعا را فعلاً منتفی دانسته و گفته است: چنین برنامه‌ای در دستورکار نیست. اما اظهارات اسماعیل بقایی، سخنگوی وزارت خارجه، زاویه‌ای دیگر از ماجرا را آشکار کرد: «موضوع هسته‌ای همواره با هماهنگی و زیر نظر شورای عالی امنیت ملی پیش رفته و وزارت خارجه، در چارچوب تصمیمات ارکان نظام، صرفاً مجری بوده است».
واقعیت آن است در هر نقطه از جهان، مجریان سیاست خارجی ــ ولو در سطح وزیر ــ هرگز تصمیم‌گیر نهایی نیستند. این نقش همواره بر عهده مقامی کلان‌تر یا نهادی بالادستی است که راهبردها را تعیین، ابلاغ و نظارت می‌کند. در جمهوری اسلامی ایران، این سلسله‌مراتب از دفتر رهبر معظم انقلاب آغاز شده و با عبور از شورای عالی امنیت ملی، سایر نهادهای حاکمیتی و مجلس شورای اسلامی ادامه می‌یابد. به بیان روشن‌تر، وزرا ــ چه در حوزه سیاست خارجی، چه اقتصادی و چه اجتماعی ــ صرفاً اجراکننده راهبردهایی هستند که از بالا تعیین می‌شود.
همان‌گونه که برنامه‌های پنج‌ساله و ده‌ساله کشور نقشه راه کلان را ترسیم می‌کنند، در عرصه سیاست خارجی نیز وزارتخانه‌ها مسئول بومی‌سازی، روزآمدسازی و اجرای این سیاست‌ها هستند. اگر در فرایند اجرا ضعف یا خطایی رخ دهد، مسئولیت متوجه مجری است، اما اصل تصمیم‌گیری در سطحی بالاتر انجام شده است. نمونه بارز آن، مذاکرات هسته‌ای سال‌های ۹۲ تا ۹۴ بود که براساس تصمیم کلان نظام آغاز شد؛ با این تفاوت که اجرای آن بر عهده تیم وزارت خارجه قرار گرفت.
انتقال پرونده به شورای عالی امنیت ملی، اقدامی هوشمندانه و به‌موقع است. این جابه‌جایی اولاً بار تصمیم‌گیری کلان را از دوش وزارت خارجه برمی‌دارد و آن را سبک‌بال‌تر وارد میدان می‌کند، ثانیاً سبب می‌شود تصمیمات در جمعی متکثر و متخصص پخته شود نه در اتاقی محدود. شورای عالی امنیت ملی شوراست و مسئولیتش جمعی است؛ برخلاف وزارت خارجه که در نهایت، یک وزیر پاسخگو است.از منظر میدانی نیز این تغییر، دست حریف را می‌بندد. همان‌طور که واشنگتن تیم خود را عوض کرده، تهران هم با نیروهای تازه‌نفس و ناشناخته وارد میدان می‌شود. این یعنی در دور جدید مذاکرات، طرف مقابل دیگر نمی‌تواند از «شناخت قبلی» برای مهار ایران بهره ببرد.این تغییر، نه عقب‌نشینی است و نه تغییر استراتژی؛ بلکه بازتنظیم تاکتیک‌ها براساس همان سیاست کلان نظام است. راهبردها همان است که بود، اما این بار با فرمان جدید و قلم جدید پیش خواهد رفت. تجربه ثابت کرده هر جا تصمیمات کلان در اتاقی منسجم و با اشراف کامل گرفته شده، دستاوردها برای کشور ملموس‌تر و هزینه‌ها کمتر بوده است.
به‌بیان روشن، انتقال پرونده به شورای عالی امنیت ملی، پایان حاشیه‌سازی‌ها و بازی‌های شخصی در دیپلماسی هسته‌ای است. حالا فرمان به‌دست نهادی است که میدان را بهتر می‌بیند و در برابر ملت، پاسخگو است.پیش از این، دو نهاد سازمان انرژی اتمی و وزارت خارجه به عنوان نهادهای فنی درگیر در وجوه مختلف پرونده هسته‌ای به اختلاف‌نظرهایی گرفتار می‌آمدند، حالا در این وضعیت که پرونده در اختیار شورای عالی امنیت ملی است، طبیعتاً مرجعی برای بررسی نهایی و تصمیم‌گیری دقیق وجود دارد. علاوه بر این، وقتی نهادی بالادستی بر تیم مذاکره‌کننده نظارت دارد و مسیر مذاکره را هدایت می‌کند، تیم مذاکره‌کننده امنیت ‌خاطر و فراغت بال بیشتری دارد و می‌تواند بی‌نگرانی از نقدها در فضاهای داخلی، بر اصل مذاکره متمرکز بماند.
با این همه، اما چه پرونده هسته‌ای در وزارت خارجه بماند و چه در اختیار شورای عالی امنیت ملی قرار بگیرد، اینکه اعضای تیم مذاکره‌کننده چه کسانی باشند و تا چه اندازه در مذاکرات آزادی عمل داشته باشند، اصلی مهم و پیش‌برنده در روند مذاکرات است.