علمایی که در نزاع با مشروطه‌طلبان از شهر و دیار خود رانده شدند، انگیزه‌های زیادی برای مخالفت با مشروطیت داشتند؛ سیدابوطالب زنجانی،‌ محمدحسین تبریزی، ‌علی لاهیجی و نجفی مرندی ازجمله رساله‌نویسانی بودند که با تألیف نوشته‌هایی علیه مشروطیت،‌ مخالفت خود را با ظهور نهادهای گرته‌برداری شده از غرب در ایران آشکار کردند. با این حال، این رساله‌ها تنها جنبه‌ انتقادی نداشت و از موضع ایجابی نیز به ارائه و توضیح نظام سیاسی مطلوب خود، یعنی نظام مشروعه، مبادرت می‌ورزید. براساس تلقی مشروعه‌خواهان از نظام سیاسی مشروطه،‌ در این نظام نمی‌توان تقویت دولت و قوای نظامی و درنتیجه، حفظ کیان اسلام و مسلمین را انتظار داشت؛ چراکه تفکیک قوا،‌ تقسیم وظایف میان ارکان گوناگون و سرشکن کردن قدرت در میان گروه‌های مختلف، تنها سبب ضعف و زوال دولت اسلامی می‌شود و زمینه را برای سیطره کفار فراهم می‌کند. نویسنده «تذکره‌الغافل» دراین‌باره می‌نویسد: بر همه واضح است تعرض به امور دینی و اعتقادی، مقدمات اضمحلال دولت اسلامی و برخلاف مقتضای حکومت اسلامی است. شیخ فضل‌الله نوری اصطلاح «مشروعه» را به معنای مطابقت با شریعت به‌کار می‌برد و منظورش نظامی حقوقی بود که درنهایت بر وحی و اراده الهی مبتنی باشد. در نظام آلترناتیوی که مشروعه‌خواهان پیشنهاد می‌کردند، حاکمیت در امور سیاسی و اجتماعی به دو حوزه شرعیات و عرفیات تقسیم می‌شد. حوزه نخست را فقها بر عهده داشتند و شامل اموری همچون افتا، ‌اقامه نماز جمعه، ‌قضاوت، جمع‌آوری وجوه شرعی، ‌اداره موقوفات و سرپرستی محجوران بود. حوزه عرفیات نیز بر اموری مانند امنیت، ‌نظم، ‌دفاع در مقابل متجاوزان، ‌حفظ مرزها و رابطه با کشورهای دیگر که دولت‌ها بر عهده دارند، ‌تأکید داشت. نظام سیاسی مدنظر مشروعه‌خواهان در حقیقت با توجه به دوگانگی میان این دو حوزه،‌ دولت را همچنان به‌عنوان پاسدار شریعت و حافظ نظام اسلامی می‌پذیرفت و بر نظارت علما به‌عنوان کسانی که بر حوزه شرعیات تسلط دارند،‌ تأکید می‌کرد. واقعیت آن است در انقلاب مشروطه، اگرچه ‌اتحادی میان گروه‌های ناهمگون شکل‌گرفته بود، اما با تشکیل نهاد مجلس در ایران و نوشتن قانون اساسی و آشکار شدن رگه‌هایی از اندیشه غربی و بیگانه در تصمیم‌های گرفته شده از سوی مشروطه‌خواهان، برخی علما و اندیشمندان به مخالفت با آن پرداختند و آن را در تضاد با روح مذهبی حاکم بر جامعه اسلامی ایران دانستند. بر همین اساس، رساله‌هایی برای انتقاد از مشروطه و طرد و نفی آن نوشتند که در آن‌ها بر مخالفت ایده‌های مدرن و غربی با اسلام تأکید می‌شد. در سوی دیگر، مشروطه‌خواهان نیز با نوشتن رساله‌هایی، تمام تلاش خود را برای پاسخ‌گویی به این ایرادها و انتقادها به‌کار گرفتند تا بلکه بتوانند با نزدیک کردن و همسویی نظرات متفرق و پراکنده، تحولی اساسی در جامعه ایران پدید آورند. اگرچه این تلاش‌های نظری، آنچنان‌که باید نتوانست به تقویت بن‌مایه‌های نظریه مشروطه و مشروعه منجر شود، اما ‌زمینه را برای نقش‌آفرینی علما از طریق تلاش برای پیوند حوزه دین و سیاست در دهه‌های بعدی فراهم کرد.